2004年1月18日
朝方（10時頃？）、池袋でポイント故障が発生し、一時運転を見合わせました。 ボルト交換作業終了後、10:35頃に運転再開しました。
再開後、11時過ぎまでは、川越線・りんかい線への直通運転を見合わせましたが、 11:30頃にりんかい線への直通運転を再開、12時過ぎに川越線への直通運転を再開したようです。

2004年1月15日〜2004年2月14日
平成15年度第2期踏切事故防止キャンペーン

2004年2月3日
21:53頃、板橋駅の踏切で人身事故。22:35頃運転再開。

2004年2月7日
14:42頃、長崎道踏切で車が立ち往生。 山手線と埼京線が一時運転見合わせ。 1344F（川29編成）は踏切の手前で停車。 1493F（東臨7編成）は新宿で運転見合わせ。 14:50頃に安全の確認が取れ、運転再開。

2004年2月14日〜
「注意してくれて、ありがとう！」キャンペーン

2004年2月16日
18:30〜19:00頃、山手貨物線の貨物列車遅延に伴う遅れが生じる。

2004年2月17日
12:50頃、中浦和で車両点検。13:00過ぎに運転再開。
16時過ぎ、川越線内で線路内に人が立ち入る。 上り列車に遅れが生じ、一部列車に運行変更有り。

2004年2月18日
7:30過ぎ、浦和で異常音があり、埼京線も緊急を知らせる信号を受信したため緊急停止。 上り列車で最大7分の遅れが生じる。

2004年2月28日
11時過ぎ、板橋−十条間で線路内に人が立ち入り、上下線で3分程度の遅れ。

2004年2月29日
16:50過ぎ、北与野でお客様がホームから転落。上り列車で5分程度の遅れが生じる。

2004年2月14日〜2004年3月19日？
「注意してくれて、ありがとう！」キャンペーン

2004年3月21日
9:01頃、指扇第4踏切（日進−指扇）で人身事故。
一時、川越線への直通運転中止。

2004年4月3日
夜（20〜21時頃？）、線路内（場所不明）に人が立ち入り、遅れが生じる。 一部列車に運変有り。

2004年4月15日
17:40頃、危険を知らせる信号を受信したため、3分程度の遅れが出る。

2004年4月16日
22:05頃、北戸田−武蔵浦和間で線路内に人が立ち入り遅延。 一時、川越線への直通運転中止。

2004年4月16日
15:43頃　日進−指扇間で人身事故。 一時、川越線が運転を見合わせ。

2004年4月27日
朝、武蔵野線や中央快速線の遅れの影響で、埼京線はお客様混雑で遅延。 9時頃は、およそ10分遅れでの運転。

2004年4月29日
13時頃、川越線内で車両故障。1245Fは大宮で折り返し、1206Fに運変。遅れはほとんどなし。
18時過ぎ、大宮駅で1754Fの9号車の窓ガラスにヒビが入っているのが発見され、 川越駅では1643Fの3号車の客扉のガラスにヒビが入っているのが発見された。 2本が運休、7本が最大23分の遅れ。
19時過ぎ、池袋−板橋間で発煙筒が使用されたため、一時運転見合わせ。その後、すぐに運転再開。
20時20分頃、大宮駅で湘南新宿ライン2690Eの7号車の客扉のガラスにヒビが入っているのが確認された。

2004年5月28日
18:48頃、池袋3番線で旅客転落のため非常停止ボタンが使用され、10分程度の遅れ。

2004年6月2日
8:05頃、りんかい線の信号制御システムに異常が発生し、 9時頃まで運転を見合わせ。

2004年6月5日
23時頃、山手線で線路内に人が立ち入った影響で、埼京線は最大で20分程度の遅れ。

2004年6月7日
8時頃から、お客様乗り換え混雑の影響で川越線・りんかい線への直通運転を一時見合わせ。 その後、9:12頃に池袋−板橋間で踏切支障があり、一時運転見合わせ。

2004年6月9日
13:30過ぎ戸田−戸田公園間に人が立ち入った影響で、 川越線・りんかい線への直通運転中止。 15:20頃から直通運転再開。

2004年6月10日
20時頃、川越線内で車両故障（1967H？）。一部の列車で行先変更。

2004年7月4日
23:06頃、板橋−十条（中仙道付近）で人身事故。 一時運転見合わせたが、23:46頃運転再開。

2004年7月10日
17時頃横須賀線大船付近で架線垂下。 湘南新宿ラインが遅れた影響で、埼京線も5分程度の遅れ。

2004年7月12日
1110Yが赤羽で急病人救護。その影響で5分程度の遅れ。

2004年7月15日
17:28頃、山手線内回り大塚で人身事故。 山手貨物線も運転を見合わせたため、湘南新宿ラインが遅れ、埼京線にも遅れ。

2004年8月7日
「いたばし花火大会」に伴う、21時以降の行先・時刻変更。

2004年8月8日
「神宮外苑花火大会」に伴う、21時以降の行先・時刻変更。

2004年8月16日
8:30頃、赤羽で旅客がホームから転落。最大で15分程度の遅れ。
15時過ぎ、指扇−日進間の線路に障害物（木の枝？）。1424Fが15分程度遅れ。

2004年8月24日
14:30頃、池袋−板橋間（堀之内踏切）で置石。遅れはほとんどなし。

2004年8月30日
朝、日進の踏切に乗用車が立ち往生。 大幅にダイヤが乱れ、埼京線は川越線への直通運転を中止。 12時頃に直通運転を再開し、13時過ぎにほぼ平常ダイヤに戻った。

2004年8月31日
台風16号による強風の為、指扇−南古谷間で速度規制。 一部の列車が運休し、7割程度での間引き運転。 この川越線の遅れにより、埼京線は8時頃まで10分程度の遅れ。

2004年9月3日
9:20頃、池袋−板橋間で信号機異常。 9:30頃に復旧し、その後は最大で10分の遅れ。運変は行われませんでした。

2004年9月4日
夕方以降、大雨の影響で遅れが生じた。運変は行われませんでした。

2004年9月8日
20:51頃、2009Sが十条の赤羽寄りの踏切で人身事故。 大崎−大宮間で運転見合わせ、川越線・りんかい線はそれぞれ折り返し。 21:25頃、運転再開。一部の列車が川越線へ直通運転再開。

2004年9月15日
朝、武蔵浦和−日進間で停電。 川越線との直通運転を見合わせ、埼京線内は間引き運転。昼頃にほぼ正常ダイヤに戻る。

2004年9月27日
8時頃、新宿で車両点検。上下線で最大10分程度の遅れ。

2004年9月28日
17時頃、新木場で車両不具合。17時頃から埼京線・りんかい線は大崎でそれぞれ折返し運転。 埼京線は1791Sとそれ以降の91運用が運休。
20:26頃、池袋（下り）で人身事故。20:32頃から3番線を使用して運転再開。 川越線との直通運転は見合わせ。

2004年10月5日
川越線内の大雨の影響で16〜21頃の間、大宮でそれぞれ折返し運転。

2004年10月6日
23:40頃、茨城県南部を震源とする震度5弱の地震が発生しました。 東京23区やさいたま市では震度4のため、一時運転を見合わせました。

2004年10月9日
台風22号接近のため、14:30頃から大宮でそれぞれ折返し運転。 16時頃からは速度規制。18:40頃に池袋−板橋間で冠水、安全確認の為、全線運転見合わせ。 20:27頃に運転再開。

2004年10月20日
台風23号による大雨の影響で、19時頃から川越線への直通運転見合わせ。

2004年10月21日
台風23号による大雨の影響で、朝方から川越線指扇−南古谷間で速度規制。 そのため、埼京線は間引き運転を行い、通勤快速は運休または各駅停車で運転。 速度規制は夜間まで持続（日中は遅れて運転、夕ラッシュ以降は一部列車に大幅な遅れ）。

2004年10月22日
18:40頃、池袋−板橋間で線路陥没があったため全線で運転見合わせ。 川越線・りんかい線はそれぞれ線内折り返し運転。 20:30頃に運転再開。

2004年10月26日
10:50頃、恵比寿−大崎間で人身事故。 川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。 13時頃から直通運転再開。

2004年10月27日
15:43頃、戸田で人身事故。 16:05頃、運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。

2004年11月2日
朝方、川越線内の濃霧の為、数分の遅れ。

2004年11月5日
24時過ぎ、大宮−日進で人身事故。深夜の為、該当列車以外は大きな遅れはなし。

2004年11月7日
15:16頃、横須賀線東戸塚で人身事故があった影響で、湘南新宿ラインが遅れ、埼京線も最大で10分程度の遅れ

2004年11月30日
14:48頃、与野本町で車両故障。16:04頃、運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転中止。 21時頃から直通運転再開。

2004年12月5日
6:50過ぎ、新宿で架線に付着物、その後、7：20頃、3・4番線に障害物があった影響で運転見合わせ。 8：40頃に運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転見合せ。 快速運転も中止した。15時頃から遅れながらも川越線・りんかい線への直通再開。
16：30頃、北与野で人身事故があった影響で運転見合わせ。 17：10頃に運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。

2004年12月6日
11:55頃、十条−赤羽で人身事故があった影響で運転見合わせ。 12：40頃に運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転見合せ。 快速運転も中止した。 14時頃からりんかい線への直通運転再開。 15時頃から川越線への直通運転再開。

2004年12月7日
21:40頃、宇都宮線の赤羽で人身事故があった影響で、一部の列車に運変が生じた。

2004年12月13日
17時頃、板橋−十条で異音を感知した関係で一部の列車に運変が生じた。

2004年12月19日
10時頃、山手線の池袋−大塚で障害物があった影響で、湘南新宿ラインが遅れ、 埼京線は12時頃から川越線への直通運転を見合わせ。15時頃から直通運転再開。

2004年12月22日
ハエ11編成出場。

2004年12月19日
14時頃、新宿で信号支障があった影響で、一部の列車に運変が生じた。

2004年12月24日
7:40頃、渋谷で人身事故があった影響で運転見合わせ。 7:55頃に運転再開したが、8:20頃から川越線・りんかい線への直通運転見合せ、新宿−大宮の折り返し運転。 13:30頃からりんかい線への直通運転を再開、14時頃から川越線への直通運転を再開。

2004年12月29日
13時頃、新宿1番線で信号機故障があった影響で、大宮−大崎で運転見合わせ。 13:50頃、新宿−大宮で運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転は中止。
16時頃、新宿で再び信号機故障があった影響で、大宮−大崎で運転見合わせ。 16:45頃、新宿−大宮で運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転は未だ中止。
20時頃、新宿で再び信号機故障。 20:53頃、運転再開したが川越線・りんかい線への本格的な直通運転は再開されないまま営業終了。