2005年6月13日、8:30頃、南古谷で信号トラブルが発生し、ダイヤが乱れました。 埼京線は川越線への直通運転を見合わせ、その後、11時頃に直通運転を再開しました。 運用がほぼ正常に戻ったのは14時頃で、それまでは所定の車種ではない運用が多々ありました。
　また、ダイヤが復旧した後、16:50頃に東海道線の辻堂で人身事故が発生したため、 湘南新宿ラインの遅れが波及して遅れが生じた列車がありました。
　さらに、18:50頃、埼京線の運行管理システムに不具合が生じたため、 19:35〜20:10頃の間、大崎−池袋間で運転を見合わせました。 その間、りんかい線は大崎で折り返し運転を行いました。 運転再開後も遅れや運休が見られました。

「1144F　快速　新木場」　（2005/6/13・大崎）
　45運用に就く東臨6編成。

「1288T　各停　新木場」　（2005/6/13・大崎）
　89運用に就く川25編成。