2005年1月8日
15:05頃、戸田で人身事故があった影響で運転見合わせ。 15:24頃に運転再開したが、川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。17時頃から直通運転を再開。

2005年1月18日
10:47頃、板橋付近の踏み切りで下り列車が異音感知。10分程度遅れ。

2005年2月2日
23時頃、新宿−池袋で危険を知らせる信号が発せられ、10分程度の遅れ。

2005年2月14日
8:19頃、武蔵浦和下り線で信号トラブル。

2005年2月16日
4:46に発生した茨城県南部を震源とする地震（M5.4）の影響で遅れ。 お客様混雑なども重なり、8時頃から川越線への中止し、間引き運転、快速運転も中止。 12:30頃から川越線への直通運転を再開。

2005年3月10日
10:56頃、与野本町で人身事故が発生し川越線・りんかい線への直通運転中止。 13時頃に直通運転再開。なお、12時頃に横須賀線戸塚の人身事故があったため、若干遅れが生じた。

2005年3月12日
6:50頃、板橋で人身事故が発生し、運転見合わせ。 7:30頃に運転再開したものの10時頃まで川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。
11時過ぎに池袋付近で線路内に人が立ち入り遅れ。13時頃まで川越線・りんかい線への直通運転見合わせ。

2005年4月25日
朝方、横須賀線で発生した人身事故の影響で、10時頃まで5〜15分の遅れが生じていました。

2005年4月26日
19:10頃、十条−板橋間の踏切で非常停止ボタンが動作。 その後、19:20頃に代々木の踏切で線路支障。 19:40頃に運転再開しましたが、川越線・りんかい線への直通運転を中止しました。

2005年4月29日
17:10頃、目白−高田馬場間で線路内に人が立ち入った関係で、最大10分程度遅れが生じました。
19:20頃、十条付近で置石があったため、遅れが生じ、川越線への直通運転を見合わせました。

2005年5月15日
5時過ぎにりんかい線の大崎で信号機故障。7:40頃に運転再開。

2005年5月19日
5:30頃、大宮で信号機故障。川越線への直通運転を見合わせ、間引き運転（6割程度）。 12時頃に川越線への直通運転を再開。

2005年5月24日
18:55頃、川越駅付近の踏切で車が脱輪。19:27頃運転再開。一部で運変あり。

2005年5月25日
5:25頃、東海道線横浜で信号機故障。その影響で埼京線もお客様混雑となり、8時頃から女性専用車中止。 最大10分程度の遅れがありましたが、運変はなし。
14:00頃、中浦和で人身事故。14:25頃運転再開。一部の列車で運変。

2005年5月26日
11:55頃、山手線新大久保で線路内に人立ち入り、最大5分程度遅れ。

2005年5月28日
20:55頃、武蔵浦和で線路内に人立ち入り、5分程度遅れ。 22:13頃、中央緩行線大久保付近で線路内に人が立ち入り、5分程度遅れ。

2005年6月1日
1046Kの川14編成が10分程度遅れ、新宿到着後、折り返し1147Kは運休となり回送で南古谷へ。 川14編成は午後29運行で再び出庫、運休となった47運行は途中から川19編成が充当。

2005年6月6日
22:20頃、十条付近の沿線で火災。一時運転を見合わせ、22:50運転再開。

2005年6月9日
8時頃、山手線高田馬場で線路内に人が立ち入り10分程度遅れ。

2005年6月11日
21:15頃、北与野で人身事故。一時運転を見合わせ。運変あり。

2005年6月13日
8:30頃、南古谷で信号トラブルがあった影響で、12時頃まで遅れが生じ、女性専用車も中止。
16:50頃、東海道線辻堂で人身事故があった影響で、湘南新宿ラインの前後の列車がわずかに遅れる。
19時頃、新宿で運行管理システムの点検を行った影響で大幅な遅れ。 20時頃からりんかい線への直通運転中止、22時から川越線への直通運転を中止。

2005年6月25日
21時頃に車両点検を行った影響で一部の列車で遅れ。

2005年6月26日
20時頃に車両故障があった影響で一部の列車で遅れ。

2005年6月27日
9:35頃、成田エクスプレス15号が新宿で急病人救護。後続の列車で最大5分程度の遅れ。

2005年6月28日
8:10頃、目白で人身事故。山手線内回りと埼京線が運転見合わせ。 8:25運転再開したものの、赤羽以北は9時過ぎまでほとんど動かず。 女性専用車も中止し、主に大宮−新宿で折り返し運転。 10時の時点で1時間遅れ、12時頃からりんかい線への直通運転を再開、 13:30頃から川越線への直通運転を再開。

2005年6月29日
8:30頃、宇都宮線土呂で踏切支障があった影響で、 9:30頃から埼京線も遅れが目立ち始める。 10時過ぎから川越線への直通運転を中止、 13時頃に再開。 18時頃には湘南新宿ラインの遅れが回復しなかったことで、埼京線も遅れ、 再び川越線への直通運転を中止し、りんかい線への直通運転も中止。

2005年7月4日
9:15頃、横須賀線西大井で人身事故。 湘南新宿ラインの遅れが影響して、10:30頃から川越線・りんかい線への直通運転し、快速運転も一時中止。 14時頃から川越線・りんかい線への直通運転を再開。

2005年7月11日
7:35頃、新宿で線路内に人が立ち入り運転見合わせ。 7:44頃、運転再開。8:20頃から川越線への直通運転を中止、12:30頃に再開。

2005年7月23日
16:35頃、千葉北西部を震源とする震度5強の地震のため全線運転見合わせ。 17:10頃、徐々に運転再開。 17:20頃、りんかい線は線内折り返しで運転再開。 17:40頃、埼京線・川越線は全線で運転再開（直通は中止）。 22時頃、川越線・りんかい線へ直通運転がほぼ再開。

2005年8月6日
いたばし花火大会に伴い臨時ダイヤで運転。

2005年8月12日
22時頃から、大雨の為、板橋−赤羽で速度規制。

2005年8月13日
東京湾花火大会のため臨時列車運転。

2005年8月25日
台風11号の影響で、14時頃から川越線への直通運転を中止。

2005年9月4日
川越線内大雨の影響で、19時頃から川越線への直通運転を中止。22時頃に再開。
大雨の影響で22時頃から板橋−赤羽で速度規制。

2005年9月5日
川越線内大雨の影響で、13:30頃から川越線への直通運転中止。15時頃に再開。

2005年9月7日
11:00〜11:40時頃、大雨のため川越線で速度規制を実施。 川越線への直通運転を中止。

2005年9月8日
7:25頃、新宿で湘南新宿ライン宇都宮行きの車掌が不在。 そのため、埼京線も遅れ、8:00頃から川越線への直通運転を中止。 11時頃に再開。

2005年10月16日
16時頃、茨城県南部を震源とする震度4の地震が発生。 一時、川越線への直通運転を見合わせ。

2005年10月27日
早朝発生した東海道線湯河原での人身事故の影響で、10時頃まで最大10分程度の遅れ。

2005年10月28日
川越線内の濃霧の影響で8時頃から川越線への直通運転中止。10時頃に再開。
21:58頃、山手線原宿での人身事故の影響で一時運転見合わせ。

2005年10月31日
19時頃、新木場で車両点検を行った関係で、一時、りんかい線への直通運転中止。

2005年11月4日
朝、武蔵浦和で信号機トラブルがあった関係で最大10分程度の遅れ。

2005年11月7日
山手線東京で発生した架線垂下の影響でお客様混雑となり、10〜13時の間、川越線への直通運転中止。

2005年11月17日
19:30頃、東雲での人身事故の影響で20:30頃までりんかい線への直通運転中止。

2005年11月22日
7:55頃、北戸田で車両故障。9:40頃から川越線への直通運転中止、10:40頃からりんかい線への直通運転中止。 12時頃に共に直通再開。

2005年12月19日
18:30頃、池袋−板橋間の踏切で安全確認を行った為、川越線への直通運転中止。